Sistem tata pamong adalah sistem untuk menjamin akuntabilitas, keberlanjutan, transparansi, dan mitigasi potensi resiko. Sistem ini telah dijabarkan dalam bentuk Peraturan dan Keputusan Direktur yang berkaitan dengan uraian jabatan, tata cara pemilihan pejabat, penyusunan dan penyampaian capaian kinerja, tata cara penyusunan dan laporan keterserapan anggaran serta antisipasi resiko yang berkemungkinan bisa muncul pada setiap kebijakan yang diambil.
Dokumen formal struktur organisasi dan tata kerja JTK sudah tersedia dalam bentuk uraian jabatan Politeknik Negeri Lhokseumawe. Uraian jabatan ini menjelaskan tentang tugas dan fungsi, pedoman kerja, wewenang, hubungan kerja, sifat jabatan dan syarat jabatan. Sehingga setiap unit dapat menjalankan tanggung jawabnya dan saling bersinergi satu dengan yang lainnya untuk menjamin terlaksananya fungsi tata pamong secara konsisten, efektif dan efisien.
Dalam struktur organisasi Jurusan Teknik Kimia (JTK) terdiri dari Ketua Jurusan, Sekretaris Jurusan, 3 (tiga) Ketua Program Studi, 1 (satu) Kepala Laboratorium dan 10 (sepuluh) Kepala seksi (Kasie) Laboratorium. Pengelolaan yang dilakukan sesuai dengan tugas dan tanggung jawab yang telah ditentukan untuk menunjang pelaksanaan Tri Dharma Perguruan Tinggi. Dalam pengelolaan sistem akademik dan beberapa unit proses penunjang sudah dilakukan dengan baik. Dengan adanya sistem SIA yang telah diberlakukan di Jurusan Teknik Kimia. Hal ini didukung dengan adanya sistem penjaminan mutu sudah berjalan ditingkat Jurusan Teknik kimia, yang dibuktikan dengan implementasi pedoman mutu yang telah disahkan, dilaksanakannya audit mutu internal dan eksternal ditingkat Politeknik dengan melakukan evaluasi kinerja secara rutin setiap semester.
Dalam menjalankan kepemimpinan operasional, JTK telah mempunyai SOP pelayanan yang jelas, sehingga memberikan kemudahan dalam menjalankan aktivitas pada masing-masing unit. Disamping itu pimpinan Jurusan Teknik Kimia telah menjalin komunikasi yang baik dengan seluruh unit yang ada untuk merealisasikan rencana strategis yang telah ditetapkan serta mampu mengambil keputusan strategis dan inovatif dengan resiko terukur dalam melaksanakan kebijakan operasional.